Sa première publication en prose parait dans le Mercure de en 1910, le recueil de ces nouvelles s'intitule De Goupil à Margot (Prix Goncourt 1910). Avec cette œuvre Pergaud s'établit comme maître littéraire dans le domaine animalier. Certains critiques y voient l'expression des similitudes entre les instincts amoraux des animaux, et les activités immorales des hommes. Ces mêmes critiques proposent que Pergaud adopte une telle position en conséquence de son fervent antimilitarisme, une attitude qu'il aurait développée durant son service national en 1902. Extrait : Goupil le connaissait bien : mais il n'avait pas cette fois tressauté au tonnerre du coup de fusil qui signalait chaque rencontre des deux ennemis ; il n'avait pas entendu siffler à ses oreilles le vent rapide et cinglant des plombs, de ces plombs qui vous font, malgré la toison d'hiver, des morsures plus cuisantes et plus profondes que celles des grandes épines noires. Il doutait, et de cette incertitude était née l'inquiétude vague, l'instinct préservateur qui, avant la douloureuse évidence, le maintenait dans la caverne au bord du danger pressenti. Terré au plus profond du roc, il avait perçu des bruits suspects qui pouvaient bien, à la rigueur, n'être que le roulement des derniers cailloux ébranlés sous ses pattes, mais un bâti étrange, qu'il n'avait jamais remarqué, semblait démentir cette facile explication. Goupil flairait un piège.